COVID-19 : Détecté chez le cerf en Ohio

Anecdotique ou inquiétant ? Ces virologues de l’Ohio State University viennent de détecter l’infection COVID-19 chez des cerfs sauvages vivant dans 6 sites de l'Ohio. Les scientifiques s’interrogent dans la revue Nature : le cerf sauvage pourrait-il être un réservoir du virus SARS-CoV-2 ? D’autant qu’au moins 3 variantes du coronavirus associé au COVID-19 ont été identifiées, qu’il s’agit bien d'isolats viraux qui peuvent être cultivés en laboratoire, et non pas seulement de traces génétiques. Ces données, présentées dans la revue Nature, qui viennent confirmer de précédentes preuves d’anticorps identifiées chez ces animaux, suggèrent une circulation de l’Homme à l’animal via des eaux contaminées.

Les humains ont infecté un large éventail d'animaux avec les virus SARS-CoV-2 et de récentes études ont suggéré que des dizaines de mammifères différents pourraient être sensibles au SRAS-CoV-2, certaines espèces pouvant être des réservoirs du virus.

Ces scientifiques de l’Ohio montrent ici que le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) est très sensible à l'infection par le virus SARS-CoV-2 et pourrait être un vecteur de transmission durable dans la nature.

Le cerf, un nouvel hôte, un nouveau réservoir ?

Les chercheurs détectent ici le virus chez l’animal, comme ils le font chez l’Homme, par écouvillonnage nasal analysé par rRT-PCR. Au total, des prélèvements ont été opérés sur 360 cerfs de Virginie dans 9 localités du nord-est de l'Ohio. L’analyse constate que :

plus d'un tiers des prélèvements (129/360, 35,8%) issus d'Odocoileus virginianus de janvier à mars 2021, sont bien positifs au coronavirus ;
des cerfs de 6 endroits sont testés comme infectés par 3 lignées SARS-CoV-2 (B.1.2, B.1.582 et B.1.596).

Le séquençage génomique de ces échantillons collectés entre janvier et mars 2021 -donc avant l’émergence du variant delta- désigne des variantes correspondant au même moment aux souches du virus SARS-CoV-2 dominantes alors chez les patients humains. De plus les cerfs infectés ont été localisés à proximité de zones de plus forte densité humaine.

L’auteur principal, le Dr Andrew Bowman, professeur agrégé de médecine vétérinaire à l'Ohio State rappelle que les scientifiques connaissaient déjà la transmissibilité de cerf à cerf, mais que ce qui est nouveau c’est que « les cerfs peuvent conserver le virus, être vecteurs, et finalement constituer une nouvelle source d’infection pour l'Homme".

Comment le cerf a-t-il été infecté ? Peut-il transmettre le virus aux humains et à d'autres espèces ? Le virus mute-t-il dans le corps des animaux ? Le cerf est-il atteint par une infection transitoire ou « un COVID long » ? De nombreuses questions subsistent. Les scientifiques font néanmoins l’hypothèse que les animaux auraient été infectés via des eaux contaminées.

Si le cerf de Virginie était confirmé comme un réservoir viral de SRAS-CoV-2, le virus pourrait muter chez le cerf, facilitant potentiellement la transmission de nouvelles souches à d'autres espèces, dont l'Homme…