COVID-19: Le pic Omicron semble passé en Afrique du Sud
Ce premier bilan des effets du nouveau variant Omicron en Afrique du Sud, effectué par des scientifiques de l’Université de Cape Town notamment, suggère une gravité réduite des formes de COVID, liées à Omicron vs les autres variantes . A cette possible moindre virulence du variant Omicron semble s’ajouter une autre bonne nouvelle, le pic semble passé en Afrique du Sud, car après un pic de près de 27.000 nouveaux cas jeudi 16 décembre en Afrique du Sud, l’incidence des cas est retombée à environ 15.000 au 21 décembre. Des données qui laissent espérer une vague Omicron plus clémente que prévue.
Si l’Afrique du Sud présente des caractéristiques démographiques et sanitaires spécifiques, ainsi qu’un décalage climatique avec l’Europe, le pays n’en reste pas moins un bon terrain d’étude. Ainsi, depuis l'émergence du SRAS-CoV-2 en mars 2020, l'Afrique du Sud a connu 3 vagues épidémiques avec les variantes bêta et delta préoccupantes sur respectivement les 2è et 3è vagues. Le 24 novembre 2021, le Network for Genomics Surveillance of South Africa (NGS-SA) signalait « l’arrivée » d’Omicron, une nouvelle variante détectée à partir d’échantillons collectés le 14 novembre 2021 en Afrique du Sud.
L'évolution plutôt rassurante d'un variant préoccupant
Le 26 novembre, sur recommandation du groupe consultatif technique sur l'évolution du virus du SRAS-CoV-2, Omicron (ou variant B.1.1.529) était désigné « variant préoccupant » par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). Parallèlement, les autorités sanitaires constataient augmentation rapide des cas de COVID-19 dans la province de Gauteng, dès la semaine du 15 novembre 2021, les laboratoires de test du SRAS-CoV-2 signalant une augmentation du nombre d'échantillons positifs au nouveau variant.
Au 16 décembre 2021, Omicron avait été détecté dans 87 pays,
de nombreux pays signalant une forte transmission communautaire.
Omicron est caractérisé par un nombre élevé de mutations, dont certaines préoccupantes en raison d’une suspicion de risque accru d’échappement immunitaire et de transmissibilité. Le variant Omicron partage quelques mutations communes avec les variants Beta et Delta, il possède également 22 substitutions supplémentaires (insertions et délétions) qui lui sont spécifiques, en l’état des connaissances actuelles.
Des données sur la gravité clinique d’Omicron sont aujourd’hui nécessaires pour guider les grandes stratégies de santé publique. L'étude non encore évaluée par les pairs (préprint) a cherché à évaluer la gravité des infections Omicron par rapport aux infections liées à la variante Delta. Cette analyse menée au total sur 38.282 cas analysés par PCR en Afrique du Sud montre que :
- les cas diagnostiqués Omicron positifs entre le 1er octobre et le 30 novembre sont 80% moins susceptibles d'être admis à l'hôpital vs cas positifs à une autre variante et au cours de la même période ;
- parmi les patients admis au cours de cette période, les patients Omicron positifs présentent un risque similaire de développer une maladie sévère vs autres variants ; mais les résultats s’avèrent différents lorsqu’on prend en compte l’hospitalisation ;
- les patients hospitalisés Omicron positifs en octobre-novembre sont 70 % moins susceptibles de développer une forme sévère de COVID que les patients hospitalisés infectés par le variant Delta entre avril et novembre.
« Prises ensemble, nos données suggèrent une gravité réduite des formes liées à Omicron vs les autres variantes », commentent les chercheurs. Depuis, de nombreux rapports épidémiologiques font également état de données montrant des hospitalisations et des décès nettement inférieurs au cours de la vague actuelle d'infections provoquée par Omicron en Afrique du Sud, par rapport aux vagues précédentes.
Sources : medRxiv et et NICD 21 Dec, 2021 10.1101/2021.12.21.21268116 Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa
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Cette actualité a été publiée le 23/12/2021 par