COVID-19 : Le variant mexicain joue sur la force électrostatique

Son taux et sa vitesse de propagation rappellent ceux de la variante britannique. Il s’agit du variant « mexicain », identifié au cours des dernières semaines au Mexique mais également dans une moindre mesure, en Europe. L’équipe du Département de pharmacie et de biotechnologie de l’Université de Bologne décrit pour la première fois ce nouveau variant. A travers l’analyse de plus d'un million de séquences génomiques, l’équipe italienne explique comment « T478K » grâce à une mutation spécifique dans la protéine Spike, peut altérer la charge électrostatique superficielle et modifier ainsi non seulement l'interaction avec la protéine humaine ACE2 mais également avec les anticorps du système immunitaire et ainsi entraver l'efficacité des médicaments existants. Ces travaux, publiés dans le Journal of Medical Virology, illustrent la nécessité d’une surveillance infaillible des variants émergents et d’une réactivité extrême dans la recherche de traitements pour les contrer.

Une augmentation alarmante depuis le début de 2021 : la variante se répand à grande vitesse en Amérique du Nord, en particulier au Mexique où elle est à l’origine de plus de 50% des cas. En revanche, à ce stade, elle n'apparaît que dans 2,7% des échantillons séquencés aux Etats-Unis et, en Europe, elle a été faiblement détectée en Allemagne, en Suède et en Suisse. Seulement 4 cas ont été signalés en Italie.

Son taux et sa vitesse de propagation rappellent ceux de la variante britannique,

explique Federico Giorgi, auteur principal de l'étude et professeur de pharmacie et de biotechnologie de l'Université de Bologne.

Une nouvelle capacité de contrôle presque en temps réel de la situation épidémique

L’équipe a effectué l'analyse de près de 1,2 million d'échantillons séquencés du génome du SRAS-CoV-2 trouvés dans des bases de données internationales jusqu'au fin avril 2021. La nouvelle variante T478K a été détectée dans 11.435 échantillons. Soit le double du nombre d'échantillons qui présentaient la même variante un mois plus tôt.

Le variant touche à l’identique les hommes et les femmes, ainsi que les différentes tranches d'âge, ce qui constitue une nouveauté par rapport aux autres souches connues.

La mutation altère la force de liaison électrostatique entre la protéine Spike du virus et la protéine ACE2 de la cellule hôte: La mutation identifiée sur ce nouveau variant, située sur la protéine Spike, « structurellement » dans la zone d'interaction avec le récepteur humain ACE2, qui permet au coronavirus de se fixer et de pénétrer dans les cellules hôtes, modifie ainsi précisément le mode de liaison du virus via la protéine ACE2. Les anticorps produits par le système immunitaire ont également plus de difficulté à bloquer la protéine S et donc à empêcher le virus d’infecter les cellules et de s'y répliquer. Si des mutations sur Spike ont également été identifiées sur les autres variantes, dans ce cas, la mutation de la protéine « T478K » sur Spike semble altérer la charge électrostatique superficielle c’est-à-dire la force de l'interaction du variant avec la protéine humaine ACE2 mais également avec les anticorps du système immunitaire.

Les scientifiques ne voient pas dans cette nouvelle compréhension, une nouvelle menace virale mais plutôt une nouvelle capacité de contrôle presque en temps réel de la situation épidémique :

« en surveillant la propagation des variantes du coronavirus dans les différentes zones géographiques, nous pourrons agir rapidement et de manière efficace ».