COVID-19 : Les chauves-souris, la source très probable du virus
Cette équipe du MRC (Medical Research Council) -University of Glasgow Centre for Virus Research retrace comme jamais auparavant l’histoire évolutive complexe des coronavirus liés au SRAS et plus spécifiquement au virus SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19. Le grand rhinolophe ou chauves-souris "en fer à cheval" apparaît, selon ces nouvelles données l’espèce animale hôte la plus probable « des ancêtres viraux » du SRAS-CoV-2. La recherche, présentée dans la revue Genome Biology and Evolution, confirme « qu’il existe un virus hautement lié au SRAS-CoV-2 toujours présent quelque part dans la nature en Chine… »
Aucune équipe de recherche n'a encore été en mesure d'expliquer complètement l'histoire évolutive du virus ou d'identifier les espèces animales qui ont transmis le coronavirus aux humains. Cette recherche écossaise en collaboration avec toute une équipe de scientifiques internationaux, apporte un nouvel éclairage sur l’évolution du SARS-CoV-2, et retrace, sans ambiguïté, les origines du virus aux chauves-souris en fer à cheval.
Zoom sur le phénomène de recombinaison génétique
Les scientifiques décrivent l'histoire évolutive des coronavirus co-circulants de chauve-souris et reconstituent l’ensemble du schéma de recombinaison virale : en « pratique », lorsqu'une chauve-souris hôte est infectée par 2 coronavirus à la fois, les virus échangent des segments de matériel génétique à l'intérieur des cellules hôtes pour créer un nouveau virus « recombinant ». Ce phénomène courant de recombinaison existe chez de nombreux virus, dont les coronavirus, et conduit à la génération de nouvelles formes de génome viral, qui contribuent à l'adaptation et à la persistance du virus. L’auteur principal, le chercheur Spyros Lytras, confirmle l’importance de ce mécanisme dans la recherche des origines virales.
« La recombinaison est un mécanisme observé dans de nombreux virus, au cours duquel des virus apparentés échangent des morceaux de leur matériel génétique lorsqu'ils se retrouvent à infecter la même cellule. Ce mécanisme entraîne un nouveau virus. Ainsi, il est essentiel de prendre en compte la recombinaison, lors de l'examen de l'évolution des virus ».
Le virus ne vient pas nécessairement du Yunnan : l’étude des recombinaisons apporte de nouvelles conclusions : en examinant l'histoire évolutive de coronavirus liés au SRAS, les chercheurs découvrent que le virus de la chauve-souris RaTG13, qui est souvent décrit comme le virus le plus proche du SRAS-CoV-2, n'est en fait pas le virus évolutif le plus proche une fois l'historique de recombinaison pris en compte. L'analyse confirme que
l'ancêtre le plus proche du SRAS-CoV-2 pourrait être diffus sur une vaste zone géographique,
qui s’étend à travers la Chine et l'Asie du Sud-Est. Le SARS-CoV-2 ne provient pas nécessairement du Yunnan, en Chine, comme on le suppose généralement.
L’analyse d’un large spectre de virus apparentés chez les chauves-souris, avec l’aide de marqueurs partagés de recombinaison virale (points spécifiques dans le matériel génétique du virus, ou ARN) confirme que :
- les ancêtres du SRAS-CoV-2 se transmettaient fréquemment parmi les espèces de chauves-souris, le virus changeant et se recombinant au fil du temps ;
- de nombreux événements de recombinaison se sont succédé sur plusieurs siècles, dans les coronavirus liés au SRAS, à la suite desquels le SRAS-CoV-2 a émergé. Cette émergence est située dans une vaste zone géographique d'au moins 2.500 km. Cependant à ce stade, les chercheurs conviennent que d’autres recherches seront nécessaires pour identifier les plus proches parents du SRAS-CoV-2.
« Mais cela indique de manière inquiétante qu'il existe sans aucun doute un virus hautement lié au SRAS-CoV-2 présent quelque part dans la nature en Chine », conclut l’un des auteurs principaux, David L Robertson.
Prochaine étape : réaliser un échantillonnage beaucoup plus large à partir de la faune pour confirmer cette origine hautement probable du SRAS-CoV-2. Cependant, la confirmation de la capacité de ces coronavirus de chauve-souris proches-parents du SARS-CoV-2 à utiliser si facilement le récepteur ACE2 humain sans avoir à subir de changement évolutif significatif, souligne pour les auteurs,
l'inévitabilité de futurs débordements.
Sources:
Communiqué University of Glasgow Communications and Public Affairs Office
- Genome Biology and Evolution 8 Feb, 2022 DOI : 10.1093/gbe/evac018 Exploring the natural origins of SARS-CoV-2 in the light of recombination
- Science Aug 2021 DOI: 10.1126/science.abh0117 The animal origin of SARS-CoV-2
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Cette actualité a été publiée le 11/01/2022 par