COVID-19 : Mais d’où vient Omicron ?

À la fin du mois de décembre 2021, en quelques semaines, Omicron BA.1 avait remplacé la variante Delta.

2 théories pouvant expliquer cette propagation rapide ont été avancées :

• soit le coronavirus avait été transmis d'un humain à un animal où il avait muté, avant d'infecter à nouveau un humain sous le nom d'Omicron,
• soit le virus avait survécu chez une personne immunodépressive, et avait muté, durant une plus longue période de temps, chez cet hôte.

L’analyse récente d'échantillons de COVID-19 collectés en Afrique avant la première détection d'Omicron remet en question ces 2 hypothèses.

L'étude : l’équipe dirigée par le Pr Jan Felix Drexler, chercheur en virologie à l'Institute of Virology at Charité et au German Center for Infection Research (DZIF) en collaboration avec un réseau euro-africain comprenant la Stellenbosch University (Afrique du Sud) et le Laboratory of Viral Hemorrhagic Fever (LFHB, Benin) a d’abord développé un test PCR spécifique permettant de détecter spécifiquement la variante BA.1 d'Omicron. Les chercheurs ont ensuite testé plus de 13.000 échantillons respiratoires de patients COVID-19 de 22 pays africains, recueillis entre la mi-2021 et le début de 2022. Cette analyse identifie :

• des variantes de type Omicron portant des mutations spécifiques chez 25 personnes de 6 pays différents, et cela 2 mois avant que la variante ne soit détectée pour la première fois en Afrique du Sud.

En savoir plus sur les origines d'Omicron : le séquençage du génome viral de quelque 670 échantillons a permis d’identifier plusieurs virus présentant des degrés divers de similitude avec Omicron mais sans être identiques.

• Omicron aurait ainsi différents ancêtres

• Ces différents ancêtres ont interagi les uns avec les autres, ont circulé en Afrique, parfois simultanément, pendant des mois. Ainsi, la variante BA.1 Omicron a évolué progressivement, période pendant laquelle le virus s'est de plus en plus adapté à l'immunité humaine existante.
• D’autres analyses montrent également qu’Omicron s’est propagé du sud au nord à travers le continent africain en quelques semaines seulement.

Ainsi, l’émergence soudaine d'Omicron ne peut pas être attribuée à un saut de l’Homme à l’animal et vice versa ou à l'émergence de nouvelles mutations à partir d’un seul patient immunodéprimé, même si ces 2 scenarii ont probablement contribué à l’apparition de nouvelles variantes. Le fait qu'Omicron nous ait pris par surprise est plutôt dû lié à des carences diagnostiques qui perdurent dans de grandes régions d’'Afrique. Les chercheurs soutiennent ainsi que dans ces larges zones, l'évolution progressive d'Omicron aurait donc pu passer inaperçue et appellent donc à renforcer, de toute urgence, les systèmes de surveillance diagnostique sur le continent africain.