COVID-19 : Remonter aux origines du SARS-CoV-2

Les chauves-souris sont confirmées comme les hôtes ancestraux des coronavirus humains (SRAS-CoV et SRAS-CoV-2)- et des infections à MERS-CoV chez les dromadaires avant leur propagation chez l’Homme. (Illustration Denis Jacob Machado )

Cette recherche en cladistique des coronavirus, menée par une équipe de virologues de University of North Carolina (Charlotte), permet de remonter jusqu’aux origines et aux tout premiers hôtes du SRAS-CoV-2 et des autres coronavirus. Ces travaux publiés dans la revue Cladistics, confirment les chauves-souris comme les hôtes ancestraux majeurs des coronavirus humains (SRAS-CoV et SRAS-CoV-2)- et des infections à MERS-CoV chez les dromadaires-avant leur propagation chez l’Homme. Ces scientifiques appellent à une surveillance continue des virus hébergés par les chauves-souris, et n'excluent pas l'émergence de nouveaux coronavirus.

Les chercheurs relèvent les égarement d’une recherche jusqu'ici infructueuse sur les hôtes intermédiaires (par exemple, la civette dans le SRAS-CoV et le pangolin dans le SRAS-CoV-2) et regrettent l’insuffisance de surveillance des virus de type SRAS chez les chauves-souris. D’autant que l’infection à coronavirus (CoV) chez les animaux et les humains n'est pas nouvelle et remonte, toujours, à la chauve-souris. Les premières données scientifiques, citées par les auteurs, remontent à 1966. Pourtant, avant le SRAS-CoV, le MERS-CoV et le SRAS-CoV-2, les coronavirus avaient fait l’objet de très peu d’attention de la part des scientifiques.

Aujourd’hui, mieux comprendre les origines des coronavirus est devenu indispensable

Plus de 2.000 génomes de coronavirus analysés : pour clarifier les origines des infections à coronavirus chez l'homme, des chercheurs du Centre de recherche en bio-informatique de l'Université de Caroline du Nord ont effectué les analyses probablement les plus importantes et les plus complètes, menées à ce jour. Ils relèvent que de nombreuses analyses ont péché par de mauvais échantillonnages de la diversité virale ou sont passées à côté de caractéristiques partagées en raison d'une histoire évolutive commune. « Nous nous sommes efforcés d'appliquer les normes les plus rigoureuses dans notre domaine », précise Denis Jacob Machado, auteur principal de l’étude. Son équipe a ainsi séquencé plus de 2.000 génomes de différents coronavirus infectant les humains- ou les animaux.

Ce travail d’analyse aboutit à une arborescence qui résume l’évolution des hôtes du SARS-CoV, MERS-CoV et SARS-CoV-2. L’analyse conclut ainsi que les chauves-souris sont les hôtes fondamentaux communs de ces coronavirus humains :

les chauves-souris ont été les premiers hôtes des coronavirus humains SRAS-CoV (SRAS) et SRAS-CoV-2 et les hôtes ancestraux des infections à MERS-CoV chez les dromadaires avant leur propagation à l’Homme ;
le MERS-CoV a évolué chez les dromadaires (et leurs éleveurs) après la transmission du virus par chauves-souris. De même, le SRAS-CoV a été transmis à l’Homme par la chauve-souris avant sa transmission interhumaine ainsi que de l'Homme aux civettes. Une transmission similaire est constatée pour le SRAS-CoV-2, des éleveurs à leurs visons. L’analyse montre ainsi que certaines des transmissions de l’Homme à l’animal se sont produites après l'infection humaine d'origine par des lignées de coronavirus hébergées au départ chez des chauves-souris;
ces transmissions secondaires à la civette ou au vison n'ont donc pas joué de rôle majeur dans l'émergence des coronavirus humains ;
les hôtes d'origine d'autres coronavirus humains sont également identifiés (HCoV-NL63 : chauves-souris, HCoV-229E : dromadaires, HCoV-HKU1 : rongeurs et HCoV-OC43 et HECV-4408 : vaches).

La transmission des coronavirus, des animaux aux humains reste épisodique : de 1966 à 2020, la communauté scientifique a décrit 8 lignées de coronavirus hébergées par l'Homme. Il reste impossible de prédire avec précision quand un nouveau coronavirus hébergé par l'Homme pourrait émerger, cependant l’équipe suggère que

nous devons nous préparer à cette éventualité.

« La transmission d’un coronavirus d'un animal à un hôte humain se produisant de manière épisodique à des intervalles totalement imprévisibles, nous sommes dans l’incapacité de prévoir l’émergence du prochain coronavirus humain. Cependant, les recherches sur les virus transférés des animaux aux humains devraient être poursuivies en continu plutôt qu’en cas de crise pandémique et sanitaire ».