COVID-19 : Sa variation antigénique appelle un vaccin universel

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La recherche vaccinale actuelle serait-elle déjà dépassée par le virus et ses mutations ? Ces experts reconnus du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID/NIH), dont le Dr Anthony S. Fauci, directeur du Centre de recherche sur les vaccins, nous proposent, dans le Journal of American Medical Association (JAMA) un état des connaissances ainsi que leur vision des nouveaux variants émergents du virus SARS-CoV-2 et de leurs implications. Les vaccins actuels pourront-ils nous protéger ? Face à la variation antigénique rapide du virus, ces chercheurs appellent à travailler sans tarder à un vaccin universel efficace contre tous les variants « possibles » : un vaccin « pan-SARS-CoV-2 ».

Variant, souche ou lignée ? La terminologie de la variation virale peut prêter à confusion :

lorsque des mutations spécifiques, ou des ensembles de mutations, sont sélectionnées a cours de nombreux cycles de réplication virale, un nouveau variant peut émerger ;
si la variation de séquence produit un virus avec des caractéristiques phénotypiques différentes, le variant est appelé une souche ;
lorsque, par séquençage génétique et analyse phylogénétique, une nouvelle variante est détectée comme une branche distincte sur un arbre phylogénétique, une nouvelle lignée est née.

L'émergence de nouvelles variantes se poursuivra jusqu'à ce que la propagation du virus soit réduite.

Des préoccupations émergent avec les variants : au-delà de l’utilisation parfois imprécise de ces différents termes dans les études et les médias, les chercheurs notent que l’émergence et l’identification soudaines de ces variantes les a en quelque sorte privées de nom, et que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) va maintenant devoir travailler à une nomenclature appropriée. Au-delà, des préoccupations émergent elles-aussi, sur la transmissibilité, l’infectiosité mais aussi la virulence et la résistance aux traitements et aux vaccins disponibles. La reconnaissance puis l’étude de toutes les nouvelles variantes, sera nécessaire et leur émergence rappelle que tant que le SRAS-CoV-2 se propagera, il aura la capacité d'évoluer.

B.1.1.7, identifiée pour la première fois au Royaume-Uni et B.1.351, identifiée pour la première fois en Afrique du Sud semblent être dotées d’une transmissibilité accrue. On ignore encore si ces souches vont induire des formes plus agressives voire mortelle de la maladie. Sur la résistance des variants au traitement, il existe un exemple récent : le variant B.1.351 peut être partiellement ou totalement résistant à certains anticorps monoclonaux anti-SRAS-CoV-2 actuellement utilisés comme agents thérapeutiques aux États-Unis.

L’évolution génétique semble s’accélérer : « au cours de la phase initiale de la pandémie, il n'y avait que des niveaux modestes d'évolution génétique », écrivent les auteurs qui reviennent sur les principaux variants connus du virus :

début en 2020, la souche originale de SARS-CoV-2 est remplacée dans de nombreuses régions du monde par une variante appelée D614G, avec une augmentation de la réplication virale chez l'Homme et de la transmissibilité chez des modèles animaux. D614G semble interagir plus efficacement avec le récepteur ACE2, et est associée à des charges d'ARN viral nasopharyngé plus élevées, ce qui peut expliquer sa montée en puissance ;

en octobre 2020, une analyse de séquençage au Royaume-Uni détecte le fameux variant B.1.1.7 qui se propage rapidement dans de nombreux pays. B.1.1.7 a conservé la mutation de D614G et contient en plus 8 mutations dans la protéine de pointe, qui semblent également favoriser son interaction avec le récepteur ACE2. Les études épidémiologiques lui confèrent une transmissibilité augmentée de 30% à 80% et le variant est également associé à des charges virales nasopharyngées plus élevées que la souche de type sauvage.

Certaines études observationnelles rétrospectives lui associent une augmentation d'environ 30% du risque de décès.

L’autre variante notable et actuelle, B.1.351, identifiée pour la première fois en Afrique du Sud devient plus rapidement encore « une souche prédominante ». B.1.351 partage les mutations D614G et N501Y avec B.1.1.1.7, avec donc également un potentiel de transmission élevé. Il n’existe pas encore de preuves suggérant un risque accru de décès associé plus élevé. Cependant, une constellation de 9 mutations dans la protéine de pointe apporte une nouvelle préoccupation de taille : B.1.351 est moins efficacement neutralisée par le plasma de convalescence ou par les sérums de personnes vaccinées avec les vaccins actuels.

Travailler dès maintenant à un vaccin « pan-coronavirus » : face à cette variation antigénique qui semble s’accélérer et alors que les premières données suggèrent que les vaccins actuels pourraient légèrement moins bien protéger contre ces variants, les experts du NIAID appellent à la recherche et au développement d’un vaccin « pan-coronavirus » ou vaccin universel contre tous les coronavirus. Alors que des programmes de recherche similaires sont déjà en place pour d'autres maladies, comme la grippe, la nature changeante du SRAS-CoV-2 suggère de suivre la même piste pour ce virus.

« Il est plus prudent d'être préparé ».

Certains laboratoires pharmaceutiques ont déjà lancé des programmes de développement et de test de vaccins basés sur des variantes émergentes, et ces études fourniront des données importantes sur la possibilité « d’élargir » la réponse immunitaire. L'émergence de nouvelles variantes est susceptible de se poursuivre jusqu'à ce que la propagation de ce virus soit réduite.

« Cela souligne l'importance d'une approche globale de la surveillance, du suivi et du déploiement des vaccins. L'approche doit être systématique et inclure une évaluation in vitro de la sensibilité de ces variants à la neutralisation par des anticorps monoclonaux et des sérums vaccinés ».

"Nous devrons vivre un certain temps avec le SRAS-CoV-2 qui montre aujourd’hui clairement sa tendance à une variation antigénique rapide, ce qui constitue un signal d'alarme et appelle à un effort soutenu pour développer un vaccin pan-SARS-CoV-2 ».