MICROBIOME HUMAIN : Une source inépuisable de médicaments ?

L'idée d'utiliser des micro-organismes comme source de nouveaux principes actifs n'est pas nouvelle. Mais, au lieu d’aller chercher ces molécules dans le sol, des pharmacologues, biologistes et scientifiques vont les chercher chez les hôtes, humains comme animaux. Cette fois, c’est donc l'analyse génétique de bactéries humaines et animales qui ouvre la voie à de nouveaux principes actifs, comme le décrivent différents travaux de recherche récemment publiés.

De nombreux médicaments ont déjà été développés à partir de produits naturels issus de bactéries et de champignons. Ces derniers luttent aussi pour leur survie et se disputent les ressources disponibles dans leur habitat naturel, comme le sol, et cherchent donc en permanence à obtenir un avantage sur leurs concurrents microbiens.

Il n'est donc pas surprenant qu'une grande partie des antibiotiques disponibles sur le marché soient issus de produits naturels issus eux-mêmes de micro-organismes.

Plusieurs équipes de recherches poursuivent aujourd’hui l’objectif plus large de trouver également des composés naturels pouvant traiter des maladies non infectieuses. Et, au lieu de chercher dans le sol, ces scientifiques cherchent directement

parmi les bactéries qui colonisent les humains et les animaux

et jouent un rôle dans le développement de ces maladies.

Ces démarches à grande échelle d'identification de nouveaux principes actifs utilisent différentes sources de données :

des bases de prélèvements de sujets sains et de patients atteints de différentes maladies. Alors que différentes parties du microbiome peuvent être affectées par ces maladies, les chercheurs examinent ainsi le microbiome dans la salive, la plaque dentaire et les selles, ainsi que dans les yeux, la gorge et sur la peau.

des bases d'échantillons issus d'animaux du zoo et d’animaux vivant dans la nature. La comparaison de leurs microbiomes est toutvaussi riche d'enseignement. L'intérêt de cette 2è source de données, animales, est lié à l'hypothèse que le microbiome des animaux peut également être une source de nouveaux composés thérapeutiques naturels.

Des échantillons collectés via ces 2 sources sont traités et séquencés afin d’identifier génétiquement tous les organismes contenus dans les échantillons et de déterminer leur abondance. Si une certaine souche bactérienne est plus ou moins abondante en présence d’une maladie particulière, alors il y a de fortes probabilités qu’elle soit impliquée dans son développement ou sa progression.

Des analyses bioinformatiques permettent ensuite d’identifier des groupes de gènes présents dans les composés naturels identifiés comme associés aux maladies étudiées.

Ces données qui constituent selon les chercheurs « une mine d’or scientifique » sont ensuite stockées dans de grandes bases et viennent enrichir les informations disponibles sur le microbiome humain. Des modèles informatiques devraient ensuite permettre d’en extraire les composés naturels prometteurs pour le développement de médicaments.

Aujourd’hui, dans le monde, 6 équipes de recherche travaillent à la validation expérimentale des 50 groupes de gènes identifiés comme les plus prometteurs.

« Les données obtenues reflètent une biodiversité énorme qui n’a pas été exploitée jusqu’à présent. Ces bases constituent une source inépuisable pour le développement de nouveaux antimicrobiens. Les prochaines étapes vont consister à exploiter ce potentiel avec le développement de nouveaux antibiotiques adaptés à de nombreuses indications ».