MICROBIOME, PHYTOBIOME, mêmes mécanismes pour de meilleurs traitements ?

L’exemple est donné avec leur utilisation croissante dans l’agriculture mais avec une efficacité sur le terrain qui reste encore trop variable en raison de multiples facteurs environnementaux comme les températures, la sécheresse, la concurrence avec d'autres microbes et les interactions avec les cultures « hôtes ». Des facteurs qui peuvent réduire l'efficacité du traitement ou même conduire à l’extinction des microbes bénéfiques.

C’est idem en médecine, et cette interaction avec l’environnement hôte peut contribuer à expliquer la lenteur du développement de nouveaux traitements à base de microbes bénéfiques (e.g. probiotiques) ou autres traitements basés sur le microbiome (e.g. transplantation du microbiote fécal).

Ici, les scientifiques du Département de biologie de l'Université du Texas proposent d'appliquer des théories écologiques pour améliorer le processus de développement de la technologie microbienne. L’idée est d’identifier les mécanismes écologiques sous-jacents aux effets bénéfiques des microbes, pour établir une feuille de route permettant d’améliorer le développement de traitements basés sur le microbiome. Ce principe est développé ici dans le domaine des cultures végétales avec quelques principes émergents, dont le partage de niches écologiques pour limiter les interactions concurrentielles et optimiser la persistance ou l’installation des microorganismes bénéfiques,

« Nous entrons dans une nouvelle ère de découverte du microbiome qui a le potentiel de changer notre façon de cultiver » et de traiter. L’écologie apporte une nouvelle vision des interactions microbiennes avec l'hôte, les autres microbes et l'environnement, pour favoriser une agriculture biologique mais pour développer de nouvelles thérapies basées sur ces microorganismes bénéfiques.