ULCÈRE DIABÉTIQUE : Leur microbiome prédit leur pronostic

Utiliser le microbiome pour prédire les résultats de cicatrisation

L’auteur principal, le Dr Lindsay Kalan, professeur de microbiologie médicale et d'immunologie avec des collègues de l'Université de Pennsylvanie a utilisé le séquençage de l’ADN, pour identifier en haute résolution les espèces ou sous-espèces spécifiques qui pourraient être essentielles pour comprendre l’influence des communautés microbiennes sur la cicatrisation. Les chercheurs ont recueilli ces données à partir des microbiomes des ulcères de 46 patients, juste avant le débridement de leurs plaies. Puis les chercheurs ont collecté de nouveaux échantillons microbiens toutes les 2 semaines pendant 26 semaines tout en suivant l'évolution des ulcères. Ils constatent ici que plusieurs souches bactériennes couramment retrouvées sur ce type de plaies peuvent soit altérer, soit améliorer ou accélérer le processus de cicatrisation.

• La bactérie S. aureus est retrouvée dans la grande majorité de ces plaies ; bien connu pour sa résistance aux antibiotiques, S. aureus est un agent pathogène commun et souvent difficile à traiter. Si, au niveau de l’espèce, la présence de S. aureus ne permet pas de savoir si une plaie va cicatriser ou non, les chercheurs ont découvert que certaines souches ne résident que dans des plaies qui ne cicatrisaient pas : « Lorsque nous avons examiné le génome de ces souches, nous avons constaté qu'elles étaient enrichies en facteurs de virulence (entérotoxines) et qu’elles portaient davantage de gènes de résistance aux antibiotiques. Elles étaient donc mieux équipées pour provoquer une infection plus invasive ».
• Le suivi de l’évolution de la communauté microbienne en réponse au traitement permet de confirmer que les antibiotiques améliorent rarement les résultats de l'ulcère ;
• en revanche, le débridement qui réduit la diversité des bactéries qui colonisent les plaies d'ulcères en voie de cicatrisation est bien sûr confirmé comme une étape essentielle dans le soin d’ulcère ;

Le rôle clé du microbiome de la plaie, une preuve in vivo : pour mieux comprendre comment les microbiomes pourraient affecter directement la cicatrisation des plaies, les chercheurs ont recréé des communautés microbiennes chez des modèles murins d'ulcères diabétiques. Ils ont transféré des souches bactériennes isolées de patients humains dans des ulcères de souris puis ont surveillé l’évolution des plaies. Les souches de S. aureus qui se trouvaient exclusivement dans les ulcères non cicatrisants entraînent à nouveau de mauvais résultats cliniques. En revanche, la présence de bactéries de type Alcaligenes faecalis permet de réduire la dégradation de l’ulcère et les plaies infectées par la bactérie cicatrisent presque aussi rapidement que des plaies non infectées. A. Faecalis semble stimuler une inflammation bénéfique de la peau lésée qui limite les effets néfastes de bactéries plus nocives.

Dans l’ensemble, l’étude suggère que la surveillance et l’analyse des microbiomes des ulcères du pied diabétique pourrait apporter aux médecins et aux soignants des données précieuses sur le protocole de soins à adopter pour ces plaies chroniques et débilitantes.

« Nous avons maintenant des preuves qui suggèrent que nous pouvons utiliser le microbiome pour prédire les résultats de cicatrisation de ces plaies et pour tester de nouveaux traitements. Notre objectif ultime reste de raccourcir les délais de cicatrisation et de prévenir l'amputation ».