ANTIBIORÉSISTANCE : La surveillance génomique pour lutter contre les superbactéries

Une surveillance à la fois génomique et « hospitalière »

341 décès en Europe ont été causés par K. pneumoniae résistant au carbapénème en 2007 ; en 2015, le nombre de décès avait été multiplié par 6 pour atteindre 2.094. Ce nombre élevé de décès est dû au fait que, une fois que les carbapénèmes ne sont plus efficaces contre ces bactéries, il ne reste plus beaucoup d’options. Les nourrissons, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées sont alors particulièrement à risque.

Un premier pas vers une surveillance cohérente des bactéries résistantes au carbapénème en Europe est rendu possible par cette analyse des génomes de 1.700 d'entre elles, qui révèle les gènes de résistance, qui produisent des enzymes appelées carbapénémases, qui « mâchent » les antibiotiques, les rendant inefficaces. Ce sont bien ces quelques gènes identifiés qui, lorsqu'ils sont exprimés, sont bien responsables de la résistance aux antibiotiques carbapénèmes.

Une propagation de patient à patient, principalement dans les hôpitaux : l’émergence récente de ces bactéries porteuses de gènes de résistance est un sujet de préoccupation majeure en Santé publique et les chercheurs rappellent ici que c'est bien l'usage intensif d'antibiotiques dans les hôpitaux qui favorise la propagation de ces bactéries hautement résistantes, qui surpassent d'autres souches plus faciles à traiter avec des antibiotiques. Cette étude montre ainsi, que dans le cas de Klebsiella pneumoniae résistante aux carbapénèmes, les hôpitaux sont le principal facilitateur de la transmission : plus de la moitié des échantillons portant un gène de la carbapénémase sont étroitement apparentés à ceux recueillis dans le même hôpital, ce qui suggère que la bactérie se propage de patient à patient, principalement dans les hôpitaux. Enfin, les échantillons de bactéries résistantes aux antibiotiques sont également beaucoup plus susceptibles d'être étroitement liés à des échantillons provenant d'un hôpital différent dans le même pays plutôt que de plusieurs pays : ce qui suggère que les systèmes de santé nationaux jouent un rôle important dans la propagation de ces bactéries résistantes aux antibiotiques.

C’est donc un double appel, à une surveillance génomique plus systématique des souches en circulation mais aussi à un contrôle plus efficace de ces infections dans les hôpitaux, notamment par des mesures d'hygiène hospitalière et le déplacement et l'isolement précoces des patients infectés.

Le professeur David Aanensen, co-auteur de l’étude conclut ainsi : « La surveillance génomique est essentielle pour lutter contre les nouvelles souches d'agents pathogènes résistants aux antibiotiques. L'objectif est de mettre en place un réseau de centres de séquençage du génome qui permettra aux systèmes de santé de suivre beaucoup plus rapidement la propagation de ces bactéries et leur évolution ».